第二集中，尼奥（(⛲)基(✒)努·里维(📒)斯 Keanu Reeves 饰）没(méi )(🔧)有能从(🆖)内部(🐉)摧毁(🌰)“母体”，他(tā )的身体在(zài )真(🌫)实世界的飞船上(shàng )陷于昏迷，思想却(🕔)被困在介(🤷)于(yú )“母体”和真实世界的(de )中间地带，这(🕌)个地(dì )方由“火(🗑)车(😚)人”控制。墨菲(fēi )(🚑)斯（劳(láo )伦(🤯)斯(sī )·菲什(🔊)伯(bó )恩 Laurence Fishburne 饰(shì )）和崔(cuī )妮蒂(dì )（凯瑞(ruì )-安(ān )·莫斯(🤠) Carrie-Anne Moss 饰(shì )）等人(rén )知(⛳)道了(le )尼(👺)奥(ào )的(de )情况，在(zài )(🕐)守护(🧟)天(🚴)使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹(🦇)奇，经(jīng )过(guò )一番激(jī )斗，将(🥋)尼奥(🃏)救了出来。　　此时(😝)，电子乌贼部队对(🤔)锡(xī )安发(😙)起了猛烈的(👌)攻击(📸)，人(🔷)类组织(zhī )所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势(shì )危在旦夕；尼奥(ào )和崔(🚽)妮(nī )蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难(nán )，到(👩)达(🧘)机器(qì )城市(shì )，尼奥终于(😉)见到了机器(🏸)世界的(de )统治者(zhě )“机器大(🔬)帝”，双(shuāng )方谈判(🐌)并达成(chéng )了协议：尼奥除(chú )掉不受“母体”控(🚓)制的(🐇)史密斯(sī )，以换取(qǔ )锡(xī )安的和平。　　在“母(mǔ )体(👔)”中(zhōng )，尼奥和史(shǐ )(🏁)密(mì )斯展开了关系人类生(😂)死存(👡)亡的最后决(🥈)斗。